莲藕的底肥施用量要根据土壤的肥瘦来定。一般每亩施人粪、畜粪或粪肥1500-2500公斤或绿肥3000-3500公斤。多施粪肥可以减少莲藕上附着的红锈斑，提高莲藕品质。深水藕田容易缺磷。除施足有机肥外，还应撒施30-40公斤过磷酸钙作基肥。

莲藕生长期长，一般追肥2-3次。当次生叶开始出现时，中耕除草后每亩施入750-1000公斤人粪尿肥。二次追肥在5-6片竖叶时进行，每亩施人粪尿肥1000公斤左右。三次追肥在末叶出现时进行，然后莲藕开始追肥，称为追肥。每亩施人粪1500斤，饼肥30-50斤。施肥应在阳光充足、无风的地方，应避免在烈日炎炎的中午。每次施肥前把水排干，让肥料吸进水里，再灌溉到原来的深度。深水藕田，肥料易流失，应施液化肥，不要施固体肥。即复施粪肥或草绿肥，埋于泥中。

莲藕是一种水生很有效的经济作物，喜热怕冷怕水怕旱，喜肥耐肥。它的主要食用产品是膨大的地下根茎(莲藕)。要求有机质含量高、土壤松软、土层深厚、透气性好的泥壤土。莲藕从发芽到出叶，新根的产生，主要依靠莲藕储存的养分；旺长期(落叶-莲藕)养分需求量大，是追肥的关键时期；莲藕(莲藕采收)时期，莲藕和莲子同步发育，养分吸收减少，茎叶中的养分大部分转移到莲藕和莲子中。

一般在亩产鲜藕1800kg的情况下，从土壤中吸收约7.7kg纯氮(N)、3.0kg纯磷(P2O5)、11.4kg纯钾(K2O)，莲藕对纯氮、磷、钾的吸收比例大致为213。